Los sucesores de Pedro continúan en su empeño por eliminar definitivamente el monotelismo, error dogmático que afirma una sola voluntad en Cristo.
Juan IV
El sucesor de Severino pudo ser consagrado desde el 24 de diciembre. Moriría dos años escasos más tarde: el 12 de octubre del 642.
Las disputas acerca del monotelismo llenaron este breve pontificado. Juan IV, en una carta al emperador, tomó la defensa de su predecesor y condenó abiertamente el monotelismo.
Tales preocupaciones inmediatas no le impidieron sin embargo estar muy pendiente de la Iglesia en Irlanda, respecto al día de la celebración de la Pascua y a la doctrina de la gracia. Y se volcó sin medida en el rescate de los cristianos cautivos de los ávaros.
Teodoro I
El 24 de noviembre del 642 tenían ya los romanos un nuevo papa: Teodoro I. Era hijo de un obispo, había nacido en Jerusalén y era griego: no se podía haber elegido mejor. Había crecido en un ambiente familiarizado con las sutilezas de la teología bizantina. Se hallaba, pues, dotado intelectualmente para proseguir la lucha de sus dos predecesores, Severino y Juan IV, contra el monotelismo y reparar los errores de Honorio.
No dudó en hacer frente al emperador y en acoger en Roma a los monjes orientales opuestos a la política religiosa de Heraclio. Tuvo incluso la audacia de excomulgar al patriarca de Constantinopla, Pablo II, que se había declarado formalmente en favor del monotelismo. Mandó a Palestina como legado pontificio al obispo Esteban de Dor con la misión de confortar a los cristianos tan duramente puestos a prueba por las querellas dogmáticas y por la invasión de los musulmanes.
El sucesor de Heraclio, Constante II, prohibió por decreto nuevas polémicas sobre el monotelismo. Teodoro I convocó entonces en Letrán un concilio con la finalidad de fijar definitivamente la doctrina de la Iglesia sobre la cuestión debatida, pero no pudo asistir a él: la muerte le sorprendió el 14 de mayo del año 649, seis meses antes de la apertura del concilio.
San Martín I
El sínodo convocado por Teodoro debía inaugurarse en octubre. Como la prisa impedía esperar el consentimiento del emperador, en julio se consagró papa a Martín, originario de Todi, en la región de Umbría, que había sido legado pontificio en Constantinopla.
En octubre, en el sínodo de Letrán, el papa condenó solemnemente las posiciones imperiales sobre el monotelismo. Constante II, ya molesto por no haber sido consultado para la elección del obispo de Roma, no aguantó más: ordenó a Olympios, su exarca de Rávena, que apresara a Martín. Pero el exarca no hizo nada; al contrario, desvinculándose del emperador, se arrogó plenos poderes sobre Italia.
El monarca le destituyó y puso en su lugar a un hombre más dócil, Teodoro Caliapas. Éste no tuvo empacho alguno en detener al papa en plena basílica de Letrán, encadenarlo y enviarle con una segura escolta a Constantinopla. Martín fue acusado allí de complicidad con Olympios y de alta traición. Se le condenó a muerte, pero se le conmutó la pena capital por el exilio.
Martín I falleció en Quersoneso, en Crimea, el 16 de septiembre del 655. Se han conservado algunas cartas que escribió desde el exilio, todas ellas patéticas. Expresa en ellas su profundo desencanto ante el comportamiento de sus antiguos subordinados y de sus pretendidos amigos.
Tanto la Iglesia de Oriente como la de Occidente le veneran como un santo mártir. Roma celebra su fiesta el 12 de noviembre; la Iglesia griega el 13 de abril.