Los distintos bandos querían hacer valer su decisión en la elección del nuevo Papa, lo que trajo nuevos conflictos entre oriente y occidente.
¿Bonifacio II o Dióscoro? (530-532)
¿Cómo pudo Félix ser tan ingenuo, hasta el punto de creer que se acabarían las peleas si él mismo nombraba a su sucesor? El clero le hizo saber que no estaba dispuesto a renunciar a sus derechos y justo cinco días antes de la muerte del papa, el día 17 de septiembre del año 530, opuso a Bonifacio el hombre que Félix quería imponer -otro candidato elegido regularmente. Como el pontífice se había decidido por un representante del partido de los ostrogodos, el clero, al contrario, votó por un bizantino. De este modo, el 17 de septiembre fue elegido Dióscoro de Alejandría, siendo consagrado el mismo día del fallecimiento de Félix en la basílica de Letrán.
Dióscoro, claramente opuesto al monofisismo, abandonó Alejandría en su juventud y, buscando aires más ortodoxos, se instaló en Roma. Sus brillantes cualidades le valieron pronto un considerable prestigio y, a lo largo de treinta años, ejerció sobre los papas una influencia espiritual tan manifiesta como beneficiosa. Apoyó a Símaco contra el antipapa Lorenzo; en el 519 fue él quien encabezó la delegación que se trasladó a Constantinopla con la misión de acabar con el cisma. ¿Cómo iba nadie a poner reparos a una elección tan acertada?
Sin embargo, el hecho era que allí estaba el archidiácono Bonifacio -el elegido por el papa Félix-, que también había sido consagrado obispo de Roma por sus partidarios el mismo día que lo fuera Dióscoro. Una vez más Roma se encontraba con dos papas y el cisma volvía a dividir la ciudad. ¿Quién terminaría por imponerse? ¿Y a costa de qué choques y violencias?
La muerte repentina de Dióscoro, el 14 de octubre, apenas tres semanas después de su elección, evitó los enfrentamientos. Su oponente, Bonifacio, tuvo el mal gusto de declarar anatema al difunto y de obligar a los sesenta sacerdotes que habían elegido a Dióscoro a que firmaran su condenación póstuma. Afortunadamente, cinco años más tarde, Agapito, uno de sus sucesores, quemaría públicamente, como señal de reprobación, aquel desagradable testimonio de la mezquindad humana.
A Roma le costó acostumbrarse a Bonifacio. Por muy romano de nacimiento que fuera, era de padres godos. Y los romanos nunca aceptarían del todo a aquel bárbaro del norte que habían tenido la osadía de imponerles.
Su pontificado, por lo demás, fue poco relevante. Nadie sentiría su final cuando Bonifacio murió el 17 de octubre del 532. También él intentó designar un sucesor, pero los componentes del clero se mantenían vigilantes, dispuestos a evitar que les sorprendieran por segunda vez.
Juan II, alias Mercurio (533-535)
Pasaron diez semanas antes de que Roma tuviera un nuevo papa. Diez semanas de rivalidades, de peleas, que ni el Senado de Roma ni el rey de los ostrogodos, Atalarico, lograron atajar. Sin embargo, llegaron a ponerse de acuerdo en la elección de un candidato, presbítero de la iglesia de San Clemente. El nuevo obispo fue consagrado el 2 de enero del 533. ¡Se llamaba Mercurio!¿Cómo se iba a poner al frente de la Cristiandad a alguien que llevara el nombre del dios de los ladrones? Mercurio se apresuró a tomar el nombre de Juan. Creaba así un precedente que, más adelante, justificaría el nacimiento de una tradición típicamente pontificio: el cambio de nombre de los llamados a ocupar la silla de Pedro.
Apenas se significó Juan II por otra cosa. Desde el año 527 un nuevo emperador, Justiniano, desempeñaba su función con el mérito indudable de actuar eficazmente por la unidad del mundo cristiano en la fe y en la justicia.
El papa Juan murió el 5 de mayo del 535 después de dos años de pontificado. Su sucesor tendría un reinado todavía más breve.
San Agapito I (535-536)
El nuevo papa era hijo de un sacerdote, Gordiano, y procedía de la más alta nobleza romana. Juan II le había nombrado archidiácono de la comunidad de Roma. Agapito fue consagrado el 13 de mayo del año 535.
Tuvo que dejar pronto la Urbe -a instancias del nuevo rey ostrogodo, Teodato- para desempeñar una misión en Constantinopla. El monarca contaba con el papa para llegar a convencer al emperador Justiniano de que debía detener las expediciones de represalia del general Belisario. Efectivamente, Justiniano había decidido vengar la muerte de la regente de Rávena, la princesa Amalasunta, asesinada por su propio primo y co-regente Teodato.
El emperador recibió al papa con los más grandes honores pero no se doblegó: los verdugos de la hija de Teodorico el Grande serían castigados.
Agapito aprovechó entonces su presencia en Oriente para poner en orden los asuntos de la Iglesia y, en particular, para procurar que se cumplieran los decretos del concilio de Calcedonia. Depuso al patriarca Antimo I, elegido por los monofisitas, y él mismo consagró -hecho único en la historia de la Iglesia- al nuevo titular de la sede de Constantinopla, el patriarca Mennas.
Agapito no regresaría a Roma. Menos de un año después de su elección, el 22 de mayo del 536, murió en Constantinopla. La Iglesia de Oriente, al igual que la de Roma, le venera como Santo.