El Obispo de Roma debía someterse a las disposiciones del Emperador Bizantino, quien concedía favores especiales al patriarca de Constantinopla.
Pelagio I
El 16 de abril del 556, esto es, diez meses después de la muerte de Vigilio, sólo dos obispos -los de Ferentino y Perugia- y un sacerdote de Ostia se atrevieron a consagrar a Pelagio, pese a que nadie en Roma -ni el pueblo ni el clero- querían un obispo impuesto por Bizancio.
Y no carecía Pelagio de cualidades: era hijo de la nobleza romana, poseía una inteligencia brillante y, como diácono, había empezado muy pronto su carrera de diplomático y de teólogo. Ya en el 536 acompañó a Agapito en su viaje a Constantinopla, y allí estuvo también como apocrisiario o legado de Vigilio. Volvió a Roma mientras el papa quedaba retenido en la corte imperial y se desvivió sin medida por aliviar a la población de la Urbe cuando sufrió el asedio del rey ostrogodo Totila.
En el año 551 se trasladó de nuevo a Constantinopla en un intento de ayudar a Vigllio a que salvaguardara un resto de independencia. Aquella vana tentativa le costó que le recluyeran durante algún tiempo en un convento estrechamente vigilado. Cuando el papa salió para Roma, Pelagio se reconcilió con el emperador, hasta el punto de que éste te envió a la Urbe con un mensaje para el general Narsés, y tal mensaje consistía en la orden de que Pelagio fuera consagrado papa de la Cristiandad.
Todos los esfuerzos del nuevo papa para mostrarse como un seguidor leal de la doctrina de Calcedonia no fueron suficientes para conseguir que se reconciliaran con él las diócesis del norte de Italia, de las Galias y de África, y durante aquel cisma, llamado «cisma de Aquilea y de Milán», sólo el apoyo imperial hizo posible que se mantuviera en la silla de Pedro.
Respecto a la población de la Urbe, diezmada por las guerras y el hambre, logró atraérsela a fuerza de abnegación y generosidad. Primum vivere…. Roma aceptó su pan y transigió desde entonces con más facilidad en que todo papa elegido tuviera que solicitar en lo sucesivo la autorización del emperador para dejarse consagrar.
Desde el punto de vista de Justiniano, el papa no era más que el patriarca de Occidente dentro de la Iglesia imperial y tenía que someterse, como los demás obispos, a su despotismo centralizador.
La misma preocupación por la unidad del imperio, que hacía bien poco tiempo había inducido a sus predecesores paganos a intentar la eliminación del cristianismo naciente, impulsaba ahora a un emperador cristiano a liquidar hasta los últimos vestigios del paganismo: se cerraron las últimas escuelas filosóficas de Atenas y se exigió la conversión de los que seguían adorando a los dioses antiguos, a veces bajo pena capital.
La subordinación obligada del papa al emperador tuvo, sin embargo, algunos aspectos positivos: por ejemplo, gracias al apoyo de Justiniano pudo Pelagio sanear las finanzas de la Iglesia romana y restablecer la disciplina, particularmente atajando los avances inquietantes de la simonía. Pero es claro que no le resultaba posible ejercer una influencia análoga sobre la Iglesia universal.
Como les ocurriría a sus tres sucesores, Pelagio no consiguió extender su autoridad más allá de los límites de su diócesis. No obstante, ni Pelagio ni los que le siguieron en la silla de Pedro renunciaron nunca -al menos, en teoría, en sus planteamientos más radicales- a ninguno de los derechos o prerrogativas que el papado había ido consolidando, poco a poco, en el curso de los tres últimos siglos.
Pelagio murió en Roma el 4 de marzo del 561.
Juan III
Romano, de familia notable, Juan III fue consagrado el 17 de julio del 561. Apasionado por las catacumbas, puso gran empeño en restaurarlas. Su logro más importante, sin duda, fue sin embargo el restablecimiento de la unidad con las Iglesias de Milán, Rávena y algunas africanas que se habían desvinculado de Roma durante el pontificado de Vigilio.
La muerte de Justiniano, el 14 de noviembre del año 565, y la llamada de Bizancio a Narsés, dieron ocasión a graves disturbios que se agravaron aún más por las incursiones de los lombardos sobre Italia. Juan III pidió que volviera Narsés, creyendo que con su ayuda dominaría la situación. Pero su iniciativa no hizo más que empeorar las cosas: el pueblo de Roma se rebeló ante la perspectiva de verse otra vez estrechamente sometido a Bizancio.
En tales momentos de tensión falleció Juan III el 13 de julio del 574. No se había dado cuenta de que precisamente sería la llegada de los lombardos lo que, a corto plazo, produciría como consecuencia liberar al obispo de Roma del insoportable cesaropapismo de Bizancio.
Benedicto I (575-579)
Roma estuvo un año sin obispo. El sucesor de Juan III tuvo que esperar para ser consagrado que llegara la aquiescencia, desesperadamente lenta, del nuevo amo de Bizancio.
Cuando Benedicto I fue por fin consagrado el 2 de junio del 575, los lombardos proseguían su avance por el norte y se aproximaban poco a poco a Roma.
El papa y el Senado esperaban que Bizancio les salvara de aquel trance, pero las fuerzas imperiales resultaron insuficientes y no pudieron impedir que el ejército invasor acampara en el 579 a las puertas de la Ciudad Eterna.
El 30 de julio fallecía Benedicto después de un pontificado oscuro, dedicado sobre todo a aliviar la miseria del pueblo.
Pelagio II (579-590)
Los lombardos asediaban Roma. Ante la imposibilidad de obtener el «placet» del emperador, prescindieron en esta ocasión de su conformidad y se apresuraron en elegir y consagrar a Pelagio, el 26 de noviembre del año 579.
Hijo del godo Wunigildo, Pelagio II había nacido en Roma. Mediante una hábil maniobra de corrupción logró rechazar a los lombardos, haciendo así que se olvidara su origen y que su prestigio subiera como la espuma.
El peligro, sin embargo, no se había conjurado. Ni el lejano emperador, ni Esmeragdo, su exarca de Rávena, parecían capaces de contener al enemigo. Pelagio fue el primer papa que pensó volverse hacia los francos. Uno de ellos -Gontran, el monarca de Borgoña- ¿no había dado buena cuenta en el año 565 de un ejército de lombardos?
Pero las esperanzas del papa eran, al menos, prematuras: los merovingios no pensaban por entonces más que en destrozarse unos a otros, y habría que esperar a los primeros carolingios, dos siglos después, para recibir de los francos una ayuda eficaz y decisiva.
En el año 585 Esmeragdo convino un armisticio con Anthari, el rey de los lombardos. Pelagio aprovechó aquel momento de calma para restaurar las iglesias de Roma y construir la de San Lorenzo Extramuros. Aunque no terminó con el cisma de Aquilea, tuvo la satisfacción de ver cómo los visigodos renunciaban al arrianismo y abrazaban el catolicismo.
El creciente prestigio del papado siguió ganando terreno: Pelagio logró incluso imponerse al patriarca Juan IV de Constantinopla, pero sin llegar aún a hacerle renunciar al título de «patriarca ecuménico».
Durante el invierno del 589 al 590 se desbordó el Tíber y causó inundaciones catastróficas, originando una epidemia de peste. Pelagio murió en tales circunstancias el 7 de febrero del 590.